Inaugurado a 15 de Julho de 1948, o museu tem salas com a coleção permanente e um espaço destinado a exposições temporárias, organizando-se ao longo de cinco salas correspondentes a cinco regiões do país: Entre-Douro-e-Minho; Trás-os-Montes; Algarve; Beiras; Alentejo e Estremadura.